In 1723 werd reeds een alferis vermeld. Dit is de vroegere en huidige benaming van een vlagdrager. Deze oude vlag is niet bewaard gebleven. Het is niet bekend of er tussen 1723 en 1880 nog vlaggen werden aangekocht. Thans beschikken wij over een vlag uit ongeveer 1880 met in het middel een medaillon waarop Sint-Sebastiaan is afgebeeld. In 1989 werd door de zusters Trapistinnen uit Brecht een nieuwe vlag gemaakt uit zijde, met volgende symboliek:
- het “Bourgondisch kruis” is kenmerkend voor al de Sint-Sebastiaansgilden
- het wapenschild met het Jeruzalemkruis is een verwijzing naar de onderdanigheid aan de hoofdgilde van Leuven
- het wapenschild van Vlimmeren, afkomstig van graaf De Pestre, Heer van Turnhout. Hij bekostigde in 1771 de kerktoren van Vlimmeren
- de eiken takken bedoelen de kracht, de weerstand, de ouderdom van onze kempische gilden
- de afbeelding van Sint-Sebastiaan, een romeins veldheer die als martelaar stierf door boog en pijl.
De vendelvlag van Sint-Sebastiaan Vlimmeren is de weergave van het wapenschild van Vlimmeren: een gouden sleutel met twee zilveren sterren op de achtergrond. Dit wapenschild behoorde toe aan bovenmeldde graaf de Pestre. Achteraan in de Sint-Pieterskerk te Turnhout vinden wij zijn rouwbord of “Obiit”, vandaar de zwarte achtergrond.